L’église de Fontaines se signale de loin par son fort clocher couvert de tuiles vernissées. Il abrite en particulier une cloche datée de 1515, classée aux Monuments Historiques.
L’édifice, d’architecture cistercienne, date de la fin du XIIe siècle. Il est dédié à saint Just, treizième archevêque de Lyon. Il est lui-même classé.
A l’origine, une enceinte fortifiée construite par les habitants le protégeait. Ce qui n’empêcha pas durant la guerre de Cent ans, qu’elle fût pillée et partiellement brûlée en 1363. Les évêques de Chalon, seigneurs temporels de Fontaines, la firent peu-à-peu reconstruire en accentuant ses caractères gothiques. Dans la nef, une clé de voûte portant la date de 1448 marque la fin de ces travaux.
L’une des dernières modifications importantes apportée à son architecture est, en 1829, la suppression de son chevet initialement plat (cistercien), et l’agrandissement du chœur en abside dans le style néogothique.
Le mobilier de l’église témoigne de la vitalité artistique du village de Fontaines : la statuaire et les fonts baptismaux sont dus à des sculpteurs sur pierre locaux (Jean Baptiste RAVET, François PROTHEAU, Antoine CHAUCHE) ; la chaire date de 1875 (RETY père et fils). On mentionnera également une Vierge en bois polychrome du XVIe, ainsi que deux médaillons en bois du XVIIe.
A signaler également l’ancien-maître autel né du ciseau d’un maitre de la sculpture religieuse lyonnaise, Guillaume BONNET (fin du XIXe) ; un chemin de croix remarquable ; des vitraux peints par Gaspard PONCET, élève d'Hippolyte FLANDRIN, datent de 1863.
Certaines pierres tombales des XVIIe et XVIIIe siècles ne manquent pas d’intérêt.
Enfin, des travaux d’entretien récents ont permis la découverte, sous les voûtes du chœur, de peintures murales du XIIIe siècle, promises à une restauration prochaine.

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